Vaganska pećina je u neposrednoj blizini naselja Vagan, općina Šipovo, Bosna i Hercegovina. Smještena je na sjevernim padinama planine Vitorog, na 920 m n. v. Od Šipova je udaljena 15 km, a od magistralnog puta Šipovo – Kupres svega 300 metara.

Stavljena je pod zaštitu u kategoriji spomenik prirode, u skladu sa aktuelnom zakonskom regulativom. Površina zaštićene zone iznosi 12 hektara. Zaštićena je još od 1970. godine od tadašnjeg Zavoda za zaštitu spomenika kulture Bosne i Hercegovine.

Pećina je formirana u gornjokrednim krečnjacima, a predstavlja fosilni kanal nekadašnjeg podzemnog toka kojim su se vode sa Kupreškog polja (Mrtvica) drenirale prema vrelu rijeke Janj. Vaganska pećina sastoji se od sedam dvorana i kanala, nazvanih imenima iz istorije i tradicije šipovačkog kraja: Čobanska dvorana, Lisičiji kanal, Galerija Simele Šolaje, Janjski kanal, Svečana dvorana, Dvorana divova, Ponorski kanal i Dvorana Rade Marijanca. Dužina glavnog kanala je oko 200 metara i na njegovom kraju se nalazi velika količina odronjenog materijala i pećinskog nakita. Ukupna dužina svih kanala je 420 metara. Širina glavnnog kanala je od 8 – 10 m, a visina od 1 do 15 m.

Pećina je izuzeno bogata pećinskim nakitom, posebno velikim saljevima na zidovima i brojnim stalaktitima na stropu pećine. Brojni su i pećinski stubovi od kojih mnogi imaju značajne dimenzije. Velike površine pećine pokrivene su i stalagmitskim pločama i stalagmitima. Posebno se po bogatstvu pećinskog nakita izdvaja središnja dvorana, duga 58 metara. Boje pećinskog nakita kreću se od bijele do crvene (radi otopljenih oksida željeza), do sive i crne (radi mangana), koje preovladavaju. Stanište je nekoliko vrsta slijepih miševa: Barbastella barbastellus, Myotis bechsteinii, Myotis emarginatus i Rhinolpphus ferrumequinum.